Bei dem ersten Start des Programms wird ein Verzeichis angelegt in welchem das System weitere Einstellungen speichert:
c:\Users\???User???\AppData\Roaming\Godot\

neben den Systemeinstellungen werden hier auch projektbezogene Einstellungen gespeichert.

Für uns könnten hier die Script Templates interessant sein.
Im Verzeichnis c:\Users\???User???\AppData\Roaming\Godot\script_templates befinden sich die Vorlagen, welche bei Erstellung eines neuen Skriptes als Vorlage dienen.

Hinzu kommt das Projektverzeichnis dessen Pfad nach den Grundeinstellungen hier angelegt wird:
C:\Users\???User???\Documents\

Um das Verzeichnis „Documents“ nicht mit einer Vielzahl von Projektordnern zu überlasten, Empfehle ich ein Zwischenverzeichnis anzulegen, wie hier beschrieben: Projektverzeichnis

Innerhalb von Godot wird das Projektverzeichnis durch die Pfadangabe "res://" definiert. Alle vom Projekt benutzten Dateien müssen sich unterhalb dieser Verzeichnisebene befinden. In diesem Verzeichnis können sich natürlich weitere Verzeichnisse befinden.

Innerhalb des Projektverzeichnisses befindet sich eine Datei namens „project.godot“. Diese Datei ist die Startdatei des Projektes. Sie beinhaltet alle Grundlegenden Informationen wie zum Beispiel die Start-Szene. Wir könnten zwar mit einem ASCII-Texteditor diese Datei bearbeiten, jedoch rate ich davon ab. Alle notwendigen Einstellungen lassen sich einfacher über Godot selber abändern.

Szenen sind ebenfalls ASCII-Dateien welche den jeweiligen Szenenbaum beinhalten und einzelnen Nodes teilweise Ressourcen zuordnet wie Skripte, Bilder oder 3D-Modelle. Des Weiteren können Szenen auch weitere Szenen enthalten. Über Skripte können andere Szenen geladen und die Startszene ersetzen. Die Dateinamen einer Szene enden mit *.tscn